Skatten kommer nästan att fördubblas till 1 050 won (6,12 yuan) per milliliter från nuvarande 525 won.
Enligt ministeriet för hälsa och välfärd har kabinettet nyligen godkänt ändringar av den nationella lagen om hälsofrämjande, som träder i kraft den 1 januari 2021.
Administrationstjänstemän säger att ändringarna syftar till att införa en rättvisare skatt på olika typer av tobaksprodukter. För närvarande beskattas e-cigaretter med 43 procent av andelen traditionella cigaretter.